La taxe générale sur les activités polluantes (TGAP) pèse sur les déchets qui sont stockés ou incinérés. L'objectif premier de cette taxe est de réduire le différentiel de coûts entre le stockage ou l'incinération et la valorisation matière afin d'inciter à davantage de recyclage. À l'initiative du Parlement, différents amendements ont été adoptés visant à l'amélioration du management environnemental des installations qui reçoivent des déchets soumis à TGAP. Ainsi, les déchets reçus dans des installations de stockage ou d'incinération sont soumis à une TGAP moindre lorsqu'elles respectent certaines règles. Le Conseil national des déchets (CND) travaille actuellement sur le renouvellement des objectifs de la politique de prévention et de gestion des déchets, pour faire suite au plan déchets 2009-2012. Ces discussions concernent notamment le financement et la fiscalité des déchets, et par conséquent la TGAP. Le sujet a été soulevé lors de la table ronde Economie circulaire de la Conférence environnementale 2013, et la feuille de route adoptée par le Gouvernement précise que le Comité pour la fiscalité écologique est saisi pour rendre un avis sur la trajectoire à suivre d'ici à 2020 pour la fiscalité déchets.