Le Commissaire général à l'investissement a été rattaché directement au Premier ministre lors de sa création en 2010. Entre le 16 avril et le 12 septembre 2014, le Commissaire général a été placé sous l'autorité conjointe du ministre de l'économie et du redressement productif et du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, pour ce qui concerne la MIRES. Cette modification visait à rapprocher le CGI des principaux ministères responsables de la politique des investissements d'avenir afin de susciter des synergies et de simplifier les circuits de décision. Durant cette période, ce changement de rattachement n'a cependant pas eu d'influence significative sur le fonctionnement du dispositif du programme d'investissements d'avenir. En effet, en ce qui concerne le pilotage du PIA, le décisionnaire principal reste en tout état de cause le Premier ministre, qui signe les conventions, arrête les cahiers des charges et décide de l'octroi des fonds, ce qu'il a durant cette période délégué dans les mêmes conditions qu'auparavant au Commissaire général. La seule modification de procédure a consisté à solliciter l'avis du ministre de l'économie pour l'ensemble des décisions. Cet avis était auparavant systématiquement sollicité dans les instances de gouvernance des actions du PIA, tout comme celui du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, mais uniquement dans les domaines relevant de leur champ de compétence. Le bilan de cette nouvelle organisation n'ayant pas révélé d'amélioration significative du dispositif, mais ayant plutôt entraîné une légère augmentation des délais administratifs, il a été décidé de replacer le CGI sous l'autorité directe du Premier ministre, par un décret du 12 septembre 2014.