La réduction des pollutions diffuses agricoles (nitrates et produits phytosanitaires) constitue l'un des défis majeurs à relever tant pour l'enjeu sanitaire pour les populations, en particulier sur les aires d'alimentation des captages, que pour l'atteinte des objectifs de bon état des eaux au titre de la directive cadre sur l'eau. Les outils de préservation de la ressource en eau potable sont divers et variés. Ils comprennent notamment des outils incitatifs et contractuels. Le ministère chargé de l'environnement s'attache à maintenir un équilibre entre les outils réglementaires, les outils contractuels et les outils transversaux comme l'animation et la formation. Cet équilibre vise la complémentarité, l'efficacité environnementale et le respect du principe de « pollueur-payeur » de la politique de l'eau en France. Lors de la conférence environnementale de septembre 2013, plusieurs principes ont été réaffirmés notamment, les principes « pollueur-payeur » et « récupération des coûts », en toute transparence pour le consommateur, ainsi que celui de la gouvernance de bassin. Des dispositifs financiers incitatifs sont actuellement mobilisés visant à promouvoir les changements de pratiques pour la protection de la ressource en eau, en particulier sur les aires d'alimentation des captages. Ils s'appuient principalement sur les programmes de développement ruraux régionaux dans le cadre du développement rural de la politique agricole commune. Les agences de l'eau interviennent en cofinancement de ces programmes de développement rural sur les zones présentant des enjeux sur la qualité de l'eau. En complément de ces dispositifs, le ministère chargé de l'environnement porte tout particulièrement le principe de la contractualisation des baux ruraux à clauses environnementales et, dans l'avenir, des futures obligations réelles environnementales qui est un dispositif prévu par le projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, qui peuvent être mis en place sur les captages d'eau potable.