M. Mohamed Laqhila attire l'attention de M. le ministre délégué auprès du ministre de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique, chargé des comptes publics, sur les inspections effectuées par l'administration fiscale concernant les entreprises bénéficiaires du crédit d'impôt recherche (CIR). En tant que première dépense fiscale, avec un montant annuel de 7 milliards d'euros versés à près de 27 000 entreprises, le CIR constitue un pilier central des politiques d'innovation en France et représente un dispositif essentiel de soutien à la compétitivité économique du pays et à l'innovation des entreprises dans diverses régions. Cependant, la mise en œuvre du crédit d'impôt se heurte à plusieurs défis majeurs pour les entreprises bénéficiaires. Les délais de traitement des dossiers CIR s'avèrent parfois excessivement longs, atteignant dans certains cas jusqu'à 10 mois, voire plus, entre la déclaration et le versement effectif du crédit d'impôt aux entreprises concernées. De plus, une problématique liée aux contrôles fiscaux relatifs au CIR a émergé. Au fil des années, ces contrôles comportent des risques croissants de rejets ou de redressements pour les entreprises visées. En effet, les contrôleurs compétents de l'administration fiscale font de moins en moins appel aux experts du ministère chargé de la recherche pour le CIR, préférant recourir à des contrôleurs généralistes ou, dans le domaine informatique, à une cellule spécialisée en informatique. Ces derniers ne possèdent pas le même niveau d'expertise technique en matière de financement de l'innovation lié au CIR, adoptant ainsi une approche différente qui peut être plus restrictive, voire pénalisante pour les bénéficiaires du CIR. Afin de protéger les entreprises innovantes, M. le député souhaite savoir si le Gouvernement envisage de prendre des mesures correctrices pour sécuriser les entreprises bénéficiaires du CIR et rassurer les acteurs de l'innovation. En particulier, il lui demande si le Gouvernement compte mobiliser davantage les experts du CIR lors des contrôles fiscaux, conformément aux pratiques antérieures de l'administration fiscale.

Le crédit impôt recherche (CIR) est un dispositif mis en place pour inciter les entreprises à accroître leur effort en matière de recherche et développement (R&D). Comme les enjeux budgétaires pour l'État sont significatifs, l'administration fiscale doit pouvoir juger de l'éligibilité d'un projet au crédit impôt recherche et pour ce faire doit posséder tous les éléments lui permettant de déterminer si les travaux engagés par la société relèvent effectivement du domaine de la R&D. Tout d'abord, en matière de délais de traitement, la grande majorité des dossiers sont traités en moins de 3 mois (62, 72 % entre 2021 et 2023). Les délais de traitement supérieur à 6 mois concernent une minorité (14,53 % des dossiers CIR entre 2021 et 2023) et essentiellement les dossiers les plus complexes, ce qui est par exemple le cas lors d'appel aux experts du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Parallèlement, trois initiatives ont été prises pour mieux prévenir les risques des entreprises et réduire les délais de traitement : - l'administration propose aux entreprises de sécuriser a priori leur CIR dans le cadre du rescrit ou de saisir directement le délégué régional à la recherche à la technologie (DRRT) afin d'obtenir une position sur le caractère scientifique et technique du projet de dépenses de R&D pour confirmer l'éligibilité du CIR. - la DGFiP met à disposition une notice pédagogique pour aider les entreprises à remplir leur déclaration de dépenses éligibles au CIR et sécuriser leur démarche en cas de contrôle fiscal ultérieur. Son utilisation permet d'aider l'entreprise à déterminer si son projet de recherche ouvre droit au crédit d'impôt et de mieux appréhender les règles applicables aux dépenses de sous-traitance. - une grille d'analyse risque (mise à jour en 2024) est diffusée aux services fiscaux visant à cibler les demandes de justification sur les entreprises à risque afin d'améliorer la pertinence des contrôles et d'alléger la charge administrative sur la majorité des entreprises. Ensuite, le député indique que les contrôleurs de l'administration fiscale adopteraient une approche différente, plus restrictive, voire pénalisante pour les bénéficiaires du CIR lorsqu'ils contrôlent seuls un CIR c'est-à-dire sans l'appui des experts du MESR (ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche). Il apparaît au contraire qu'une majorité des droits rappelés en matière de CIR résulte de dossiers où l'administration fiscale est appuyée par des experts du MESR entre 2021 et 2023, la médiane des rappels en droits nets concernant le CIR « inéligibilité du projet » sans recours aux experts est de 79 K€ contre 144 K€ avec recours aux experts du MESR). Enfin, le parlementaire attire l'attention sur le fait que les services vérificateurs auraient insuffisamment recours à l'expertise du ministère de la recherche pour apprécier l'éligibilité au CIR des projets de recherche des entreprises contrôlées. Or depuis 2014, un protocole tripartite signé entre la direction générale des finances publiques (DGFiP), la direction générale des entreprises (DGE, ex-DGCIS) et la direction générale de la recherche et de l'innovation (DGRI), précise les conditions de traitement des dossiers de contrôle sur le CIR, et prévoit, notamment en son paragraphe 3.1, que ‘'chaque année, la DGCIS, la DGRI et la DGFiP conviennent du nombre prévisionnel de saisines''. En 2024, la DGFiP a officiellement demandé une augmentation des quotas de saisines alloués par le MESR.