Les directeurs adjoints de sections d'enseignement général et professionnel adapté (SEGPA) sont chargés de l'organisation pédagogique de la section. Au titre de l'exercice de cette fonction, qu'ils exercent sous l'autorité du chef d'établissement, ils bénéficient d'un régime de rémunération complémentaire qui leur est spécifique, en particulier une bonification indiciaire (BI) de 50 points en application du décret n° 81-487 du 8 mai 1981 fixant le régime de rémunération applicable à certains emplois de direction d'établissement ou de formation relevant du ministre de l'éducation. Le décret n° 2023-1309 du 27 décembre 2023 a modifié l'article 8 du décret précité et permet désormais que l'indice de référence pris en compte soit celui de la classe exceptionnelle du corps des agrégés. L'ensemble des directeurs adjoints de SEGPA bénéficient donc de l'intégralité de leur bonification indiciaire.