Les effectifs du lapin de garenne sont en effet globalement en forte baisse depuis plus de 25 ans. On note toutefois un regain de certaines populations depuis 2005. Cette diminution est notamment liée à des causes sanitaires. Les trois principales pathologies affectant le lapin sont la myxomatose, la RHD (maladie hémorragique virale) et la coccidiose. Si l'impact de la myxomatose est aujourd'hui moindre que ce qu'il était lors de son introduction en 1952, celui de la RHD peut être très fort. Certaines populations soumises conjointement à ces deux maladies peuvent enregistrer des mortalités annuelles de l'ordre de 80-90 % chez les adultes et plus de 95 % chez les jeunes. Toutefois, certaines populations de taille importante semblent peu affectées par ces maladies. Dans ces populations, il semble qu'une circulation efficace des virus entraîne une forte immunité les préservant de fortes épidémies. Pour pallier un risque épidémiologique important, certains experts ont pu évoquer la mise en œuvre d'un système de « puces vaccinantes », porteuses de vaccins spécifiques. Pour pouvoir déployer un tel système, il est nécessaire de bénéficier préalablement d'une autorisation de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) et de l'Agence nationale du médicament vétérinaire (ANMV), afin de vérifier les bénéfices d'un tel dispositif au regard des risques qu'il peut engendrer, comme tout vaccin. Concernant les mesures environnementales propices à la restauration des populations de lapins et dans l'optique de restaurer les milieux agricoles et endiguer la raréfaction des espèces inféodées à ces milieux, le gouvernement lance dès 2018 un nouveau plan intitulé « Plan Écophyto II+ ». Ce dernier s'inscrit dans la continuité du Plan Écophyto II en tenant compte des derniers engagements en matière de pesticides. Ainsi, poursuivant les actions prévues dans les plans précédents, ce nouveau plan prévoit notamment d'accélérer le retrait des substances de traitement les plus préoccupantes, de promouvoir la reconnaissance et la diffusion des produits de biocontrôle et des préparations naturelles peu préoccupantes, de renforcer la prévention de l'exposition de la population aux pesticides ainsi que de leurs impacts sur l'environnement et la biodiversité, notamment par l'information, la communication et le dialogue entre les différents acteurs. Ces actions visent à atteindre l'objectif de réduction de l'usage des produits phytopharmaceutiques de 50 % d'ici 2025 et sauvegarder durablement les écosystèmes naturels des milieux agricoles.