Le paludisme est une maladie due à des parasites du genre Plasmodium, transmise par les femelles des moustiques Anopheles. Le parasite est également transmissible par des éléments du corps humain (greffes, transfusion) ; des cas de transmission croisée au cours de soins sont également décrits. Des conditions propices à la survie du moustique sont réunies dans les outremer français, cependant il n'existe pas de transmission aux Antilles ou à La Réunion, et le département de Mayotte est classée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) dans les zones en voie d'élimination du paludisme.  L'incidence des cas autochtones en Guyane est en forte baisse depuis quelques années grâce aux efforts conjugués des acteurs locaux et de la population. En métropole il n'existe pas de circulation du parasite, cependant quelques cas de transmission locale sont détectés chaque année, par des moustiques transportés dans des bagages ou marchandises en provenance de zones d'endémie. Le paludisme est sous surveillance dans l'ensemble du territoire national,  par le système des maladies à déclaration obligatoire et avec la participation du centre national de référence. Tous les cas autochtones déclarés font l'objet d'une enquête épidémiologique et entomologique qui permet d'identifier l'origine de la transmission et d'éviter une dissémination du parasite.