La loi n° 2021-1104 du 22 août 2021 portant lutte contre le dérèglement climatique et renforcement de la résilience encadre la suppression de retenues d'eau pour les moulins situés sur les cours d'eau classés en « liste 2 » au titre de l'article L. 214-17 du code de l'environnement, soit 11 % du linéaire des cours d'eau. Elle prévoit que « S'agissant plus particulièrement des moulins à eau, l'entretien, la gestion et l'équipement des ouvrages de retenue sont les seules modalités prévues pour l'accomplissement des obligations relatives au franchissement par les poissons migrateurs et au transport suffisant des sédiments, à l'exclusion de toute autre, notamment de celles portant sur la destruction de ces ouvrages ». Les agences de l'eau financent des projets respectant ces dispositions légales. La cour administrative d'appel de Versailles a reconnu, dans sa décision du 18 novembre 2024, la légalité des dispositions du programme d'intervention de l'agence de l'eau Seine-Normandie prévoyant le financement de suppressions d'ouvrages situés en lit mineur. Les projets de restauration de la continuité écologique sont portés localement par les collectivités compétentes au titre de la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations (GEMAPI). Ces interventions sont élaborées dans le cadre d'un dialogue avec les usagers des territoires et en cohérence avec les objectifs de gestion durable de l'eau à l'échelle des bassins versants. Chaque projet fait l'objet d'une concertation territoriale approfondie, en lien avec les réalités locales. Les alternatives techniques à l'effacement, telles que les passes à poissons à haute efficacité ou les dispositifs de contournement, peuvent bénéficier d'un accompagnement financier dès lors qu'elles permettent une réelle amélioration écologique. Le bon niveau de conciliation doit être adapté aux enjeux propres à chaque cours d'eau et bassin versant, en laissant une place suffisante à la suppression des seuils inutiles et obsolètes, solution permettant une restauration complète des habitats et de la qualité de l'eau. Lorsque les enjeux patrimoniaux, paysagers ou énergétiques sont avérés, des solutions techniques alternatives à l'effacement sont envisagées. Dans le bassin Rhône-Méditerranée, 1444 ouvrages (hors Corse), sont sur la liste des ouvrages prioritaires en application de l'instruction de 2018, 387 ont été « traités » et environ 70 % ont fait l'objet d'un aménagement. Les ouvrages ayant le mot « moulin » dans leur nom ne représente que 8 % des ouvrages traités. Les ouvrages supprimés des seuils de moulins, ne le sont que s'il s'agit de la volonté du propriétaire ou qu'il a donné son accord à des travaux plus importants de restauration de cours d'eau au titre de la GEMAPI comprenant cette suppression ; la plupart sont des prises d'eau, des busages et divers ouvrages abandonnés ou des radiers de pont par exemple. Sur le plan scientifique, les petites retenues en cours d'eau tendent à réchauffer l'eau, à concentrer les sédiments et les pollutions, ce qui peut nuire à la biodiversité et à l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau, alors qu'elles ne jouent qu'un rôle mineur dans le soutien à l'étiage. En effet, leur faible volume ne permet pas de conserver un débit minimal durable en période de sécheresse. Seules les grandes retenues, majoritairement situées en amont des bassins versants, peuvent relâcher sur plusieurs semaines l'eau stockée pour maintenir un écoulement minimal dans les cours d'eau. L'effacement de petits ouvrages n'est donc pas responsable des assèchements observés l'été sur de nombreux cours d'eau. Ces phénomènes sont avant tout la conséquence du dérèglement climatique, souvent aggravée par une pression excessive sur la ressource en eau.