Si globalement le secteur agricole et alimentaire a été plutôt moins affecté que d'autres secteurs par la crise qui s'est déclarée depuis le printemps 2020, certaines filières ou certains segments dans les filières, ont été néanmoins très impactés. Les modes de consommation et les circuits de distribution ont été profondément modifiés suite à l'arrêt d'activité du secteur de la restauration hors foyer. La progression de l'épidémie a pu également entraîner un manque de disponibilité des salariés dans les entreprises, notamment les plus petites, avec des fermetures de sites de production. Enfin, les exportations, notamment sur l'Asie et les États-Unis, ont été rendues très difficiles. Le ministère de l'agriculture et de l'alimentation a suivi et suit toujours avec beaucoup d'attention l'évolution de la situation de chaque secteur d'activité, avec le concours de l'établissement public FranceAgriMer et des services déconcentrés. En Bourgogne-Franche-Comté, une cellule de suivi a réuni chaque semaine les services régionaux de l'État, les services de la région, la chambre régionale d'agriculture et les organisations professionnelles. De même, les cellules d'accompagnement des agriculteurs en difficulté ont continué à fonctionner dans les départements, sous l'autorité des préfets. La priorité du Gouvernement est d'assurer la viabilité des entreprises agricoles et agroalimentaires. Au niveau national, ces dernières peuvent bénéficier des dispositifs mis en place par le Gouvernement et sont notamment éligibles au fonds de solidarité. Elles peuvent également émarger au plan de sécurisation du financement des entreprises qui permet de faciliter l'accès au crédit des entreprises via des garanties de l'État et de la banque publique d'investissement. En parallèle, au niveau européen, il était indispensable d'assurer le bon fonctionnement du marché unique et de réguler les marchés dans les secteurs où les cours se sont repliés. La France a multiplié au printemps les initiatives diplomatiques et a mobilisé ses partenaires pour inciter la Commission européenne à mettre en place les mesures de gestion des marchés et des crises prévues par l'organisation commune des marchés qui s'imposaient. Le 22 avril 2020, en réponse aux demandes portées par la France et les autres États membres, la Commission a proposé la mise en place des mesures d'aide au stockage privé pour les produits laitiers et la viande. La Commission a également proposé des assouplissements dans la mise en œuvre des programmes sectoriels (vin, fruits et légumes, olive, apiculture). Elle a également donné la possibilité aux organisations de producteurs et aux interprofessions reconnues des secteurs du lait, des pommes de terre et des fleurs de déroger aux règles de concurrence pendant une période de six mois pour réguler les marchés. Le secteur de la viticulture est particulièrement touché par la crise : les débouchés export se sont considérablement réduits et la demande intérieure a beaucoup fléchi pendant les périodes de confinement et de fermeture des cafés, hôtels et restaurants. La France a proposé et obtenu la mise en place de mesures de distillation de crise et de stockage dans le cadre des programmes nationaux d'aides au secteur viticole. La mesure de distillation de vins a permis de transformer en alcool non alimentaire, avant les vendanges 2020, près de deux millions d'hectolitres (Mhl) de vins français, avec un soutien principal de 127 millions d'euros (M€) de fonds européen agricole de garantie. Cette première campagne de distillation est suivie d'une seconde jusqu'en mars 2021 à hauteur de 0,6 Mhl. Le soutien européen est complété par des aides nationales pour les deux campagnes de distillation, dont 42 M€ pour l'année 2020. Au total, les soutiens pourront aller jusqu'à 211 M€ au bénéfice des producteurs et négociants pour 2,6 Mhl de vins distillés. Compte tenu des difficultés persistantes pour le secteur, la France, soutenue par douze États membres, a demandé en octobre 2020 à ce que ces mesures soient prolongées sur l'année 2021. Cette demande a été entendue par la Commission et le règlement européen permettant la prolongation des mesures de distillation et de stockage sur l'année budgétaire 2021 a été publié le 28 janvier 2021. La mesure de stockage privé, elle aussi prolongée, permettra un soutien au retrait temporaire de la commercialisation des vins en surstock chez les producteurs et les négociants, pour un montant qui ne sera connu qu'à l'issue de la période de stockage en cours (30 juin 2021), et qui pourra aller jusqu'à 58 M€ de fonds européens et nationaux. La France insiste régulièrement, à l'occasion des conseils des ministres de l'agriculture, sur la nécessité d'assurer un suivi rapproché des marchés agricoles, la Commission européenne devant se tenir prête à prendre de nouvelles mesures si les marchés étaient à nouveau fortement déstabilisés. Ainsi, à l'occasion du conseil des 22 et 23 mars 2021, la France s'est associée à une déclaration avec treize autres États membres demandant à la Commission européenne d'augmenter le soutien apporté au secteur vitivinicole, fragilisé par les conséquences économiques de la crise sanitaire et les mesures de rétorsion américaine dans le cadre du contentieux Airbus-Boeing.