La protection des salariés investis de fonctions représentatives résulte d'une exigence constitutionnelle. Comme l'a affirmé le Conseil constitutionnel à plusieurs reprises, et récemment dans sa décision 2025-1181 QPC du 6 février 2026, cette exigence découle du préambule de la Constitution qui dispose que « tout travailleur participe, par l'intermédiaire de ses délégués, à la détermination collective des conditions de travail ainsi qu'à la gestion des entreprises ». Lorsqu'il est saisi d'une demande d'autorisation de licenciement par l'employeur, quel que soit le motif du licenciement invoqué, l'inspecteur du travail est tenu de procéder à un contrôle strict après avoir procédé à une enquête contradictoire. Ainsi, il vérifie la régularité de la procédure interne suivie par l'employeur qui, si elle ne répond pas aux prescriptions légales, pourrait le conduire à refuser le licenciement du salarié protégé. De plus, l'inspecteur du travail vérifie la réalité du constat de l'inaptitude par le médecin du travail. Lorsque l'avis du médecin du travail fait état d'une des mentions prévues aux articles L. 1226-2-1 ou L. 1226-12 du code du travail, à savoir que « tout maintien du salarié dans un emploi serait gravement préjudiciable à sa santé ou que l'état de santé du salarié fait obstacle à tout reclassement dans un emploi », l'employeur est exonéré des recherches de reclassement. Il n'appartient alors pas à l'inspecteur du travail de contrôler le sérieux des recherches de reclassement. Enfin, même lorsque le salarié est en situation d'inaptitude médicale susceptible de justifier son licenciement, la circonstance que le licenciement envisagé est également en rapport avec les fonctions représentatives normalement exercées par l'intéressé ou avec son appartenance syndicale fait obstacle à ce que l'administration accorde l'autorisation sollicitée. Sur ce dernier point, l'inspecteur du travail, ou l'autorité ministérielle en cas de recours hiérarchique, applique la jurisprudence du Conseil d'Etat qui indique qu'il lui appartient en toutes circonstances de faire obstacle à un licenciement en rapport avec les fonctions représentatives normalement exercées par un salarié ou avec son appartenance syndicale et précise que le fait que l'inaptitude du salarié résulte d'une dégradation de son état de santé, elle-même en lien direct avec des obstacles mis par l'employeur à l'exercice de ses fonctions représentatives est de nature à révéler l'existence d'un tel rapport (Conseil d'Etat, avis, 21 sept. 2016, n° 396887, M. Plessis ; Conseil d'Etat, 29 mai 2017, n° 393280, Sté Financière Honoré). En 2025, les inspecteurs du travail ont été saisis de 4 042 demandes d'autorisation de licenciement pour inaptitude médicale et accordé à l'employeur une autorisation dans 87% des cas. Les décisions de refus portant sur l'existence d'un lien avec le mandat dans les situations d'inaptitude avec exonération de reclassement sont rares, mais témoignent alors d'une situation anormale dans laquelle ont été relevés des obstacles importants mis à l'exercice de ses fonctions représentatives. En cas de désaccord avec l'appréciation portée par l'administration, une requête en annulation peut être portée devant le tribunal administratif dans le délai de deux mois suivant la notification de la décision. En tout état de cause, la situation n'est pas définitive puisqu'elle peut aboutir à une résiliation judiciaire du contrat. Une rupture conventionnelle individuelle est également possible. Enfin, en cas de changement des circonstances, un réexamen de la situation reste envisageable (Conseil d'Etat, 2 décembre 2024, n° 470.513, Sté Akidis).