Conscient des potentialités économiques, des enjeux alimentaires, des sources de diversification pour les professionnels, des retombées pour les territoires, mais également du chemin qu'il reste à parcourir, le Gouvernement a publié il y a un an une ambitieuse feuille de route pour le développement de la filière algale en France. Le Gouvernement est attentif aux difficultés rencontrées par la filière française de la spiruline biologique, résultant de l'application du cadre réglementaire européen de la production biologique aux cultures de micro-algues. L'aquaculture et les algues ont été intégrées au cadre européen de la production biologique à compter de 2009, en référence aux productions agricoles terrestres qui avaient été antérieurement définies, avec une adaptation aux contraintes du milieu aquatique mais sans qu'un cadre spécifique ne soit élaboré par type d'aquaculture. En particulier, les différents types de systèmes de production n'ont pas été détaillés par souci de simplicité et d'harmonisation des pratiques. Ainsi, la production de spiruline est considérée, au niveau européen, comme une production aquacole et il n'y a pas de distinction au regard du degré d'ouverture ou d'interaction avec les milieux naturels des productions. En vertu de cette classification, la production de spiruline biologique relève du cahier des charges de l'aquaculture biologique, défini par le règlement (UE) 2018/848. Or il est prévu au point 2.3.2, annexe II, partie III que seuls les intrants d'origine végétale sont autorisés pour la production d'algues. Cette limitation s'inscrit dans les principes généraux de la production biologique qui prohibent en principe le recours aux engrais de synthèse et privilégient des substances d'origine naturelle, faiblement solubles et compatibles avec le fonctionnement écologique des systèmes de production. Elle vise également à encadrer strictement les apports extérieurs afin de maintenir une différenciation claire entre production biologique et production conventionnelle. Compte tenu des enjeux soulevés par cette disposition et afin de soutenir le développement de la production de spiruline biologique, la France a transmis, en octobre 2025, une note des autorités françaises (NAF) à la Commission européenne, dans le cadre de la phase préparatoire à la révision ciblée du règlement (UE) 2018/848 engagée à l'initiative de la Commission européenne. Cette contribution soulignait la nécessité d'élargir, pour la production d'algues biologiques, la possibilité d'utiliser des intrants azotés d'origine animale déjà autorisés en agriculture biologique et inscrits à l'annexe II du règlement d'exécution (UE) 2021/1169. Cette proposition n'a toutefois pas été soutenue par d'autres États membres et la Commission européenne, conformément à la méthode qu'elle a annoncée, fondée sur l'identification de mesures de simplification ciblées susceptibles de recueillir un large accord, n'a pas retenu cette évolution dans les ajustements envisagés à ce stade des travaux. Un positionnement dépassant le soutien d'un seul État membre constitue un préalable nécessaire à toute réinscription du sujet dans les discussions. Une éventuelle expression collective de plusieurs États membres pourrait, le cas échéant, permettre de rouvrir l'examen de cette proposition dans les travaux de la Commission européenne. À ce stade toutefois, une telle perspective demeure incertaine. Dans ce contexte, le Gouvernement poursuit ses échanges avec la Commission européenne et les États membres, afin que les spécificités de la filière spiruline puissent être pleinement prises en considération dans le cadre des travaux et réflexions en cours ainsi que dans le respect des principes et des objectifs de l'agriculture biologique.