Dans le cadre de la politique agricole commune, les investissements sur les exploitations agricoles ou au niveau de l'aval des filières (transformation, conditionnement, stockage) peuvent être financés par le fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER). À Mayotte, à titre dérogatoire, la gestion de ces aides n'a pas été décentralisée. Ce sont les services de l'État qui assurent cet accompagnement et il est à signaler que c'est à Mayotte que le niveau d'exécution de ces crédits européens est le plus élevé en comparaison à l'ensemble du territoire national. De plus, à la suite du cyclone Chido des aménagements réglementaires ont permis d'optimiser la consommation des crédits de la précédente programmation. Le développement de projet agricoles à Mayotte fait donc l'objet d une attention et d'un financement particulier de la part de l'État. Dans ce contexte, avec le soutien de l'État, les filières agricoles mahoraises s'organisent pour répondre aux multiples défis auxquels elles sont confontées. À titre d'exemple, l'association interprofessionnelle de Mayotte (AIM) est agréée par la direction de l'agriculture, de l'alimentation et de la forêt (DAAF), ce qui lui permet d'être identifiée comme le représentant de l'ensemble des filières par les services de l'État. Elle bénéficie également directement de crédits du programme d'options spécifiques à l'éloignement à l'insularité (POSEI) via l'aide à l'animation pour développer la structuration localement. Par ailleurs, une aide surfacique a été mise en œuvre spécifiquement à Mayotte. Les données d'exécution du POSEI démontrent le dynamisme local avec une surface aidée qui est passée de 2 394 hectares (ha) en 2019 à 2 760 ha en 2024. S'agissant des productions animales, 8,3 millions (M) d'œufs ont fait l'objet d'une aide en 2019 contre 19 M en 2024. Ainsi, même si la situation reste délicate, les acteurs de l'agriculture mahoraise, soutenus par l'État, se mobilisent pour développer le potentiel agricole local en s'appuyant sur tous les leviers disponibles comme l'illustrent les travaux menés dans le cadre du volet territorial des conférences de souveraineté.