Le grand cormoran est une espèce autochtone protégée au niveau national. Il bénéficie également au niveau européen du régime général de la protection de toutes les espèces d'oiseaux (directive « Oiseaux »). En tant que prédateur naturel au régime alimentaire piscivore, il est une espèce importante pour le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes. Avant de bénéficier d'un statut de protection, la population de la sous-espèce Phalacrocorax carbo sinensis s'était significativement réduite jusque dans les années 1970. Depuis, le nombre moyen de grands cormorans a augmenté jusqu'à atteindre une population de presque 120 000 individus hivernants en 2024, ce chiffre étant relativement stable depuis 2013. Afin de contrôler l'impact que le grand cormoran occasionne sur les piscicultures et, le cas échéant, les poissons sauvages, un système dérogatoire à la protection stricte, en conformité avec la directive « Oiseaux », a été établi en France dans les années 1990 pour mener des opérations de régulation. Ces moyens d'action font régulièrement l'objet d'ajustements, notamment en lien avec l'évolution de la population sur le territoire et les besoins des acteurs. Ainsi récemment, un arrêté-cadre conjoint des ministres chargés de la protection de la nature et de l'agriculture, l'arrêté du 24 février 2025, a fixé de nouvelles conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle (effarouchement) et de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans. Ce texte a été élaboré et discuté avec l'ensemble des acteurs de terrain concernés. Il vise à la coexistence du grand cormoran avec les pisciculteurs et à la limitation de son impact sur les écosystèmes aquatiques, dans le respect de la réglementation en vigueur. De même, un arrêté triennal pris en application et également signé conjointement, l'arrêté du 3 septembre 2025, a fixé de nouveaux plafonds départementaux de destruction dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction du grand cormoran (Phalacrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées pour la protection des piscicultures par les préfets pour la période 2025-2028. Ainsi, le système actuel prévoit la mise en place d'actions d'effarouchement et de destruction de l'espèce lorsque les solutions alternatives, notamment les mesures de protection, se montrent insuffisantes à diminuer son impact. Dans l'arrêté-cadre qui s'applique depuis peu, figurent des simplifications administratives et des assouplissements importants s'agissant des dérogations à la protection de l'espèce, notamment pour les exploitations piscicoles. Ainsi la période de destruction est étendue de droit jusqu'au 30 juin pour les piscicultures. La mise en œuvre d'opérations complémentaires est permise jusqu'au 31 juillet en pisciculture sur justification (auparavant, les opérations complémentaires devaient s'achever au plus tard le 30 juin). En outre, en cas d'atteinte du plafond accordé au titre de la protection des piscicultures avant la fin de la campagne, le plafond peut être augmenté dans la limite de 10 % du nombre d'individus autorisés à la destruction sur les piscicultures dans le département. De même, afin d'assurer un meilleur suivi des destructions de grand cormoran, il est ajouté un délai de 72 heures suivant les destructions, pour la transmission des comptes-rendus d'opérations aux préfets. Les déclarations s'effectuent désormais via une plateforme en ligne qui simplifie les démarches des bénéficiaires de dérogations, et peuvent en outre être réalisées par une même personne pour les destructions ayant lieu un même jour sur un même site. Enfin, tout bénéficiaire d'une dérogation à l'interdiction de destruction peut réaliser, aux mêmes périodes et sur les mêmes lieux que les tirs, des opérations d'effarouchement sonores et visuels, sans qu'il soit besoin d'effectuer des démarches administratives supplémentaires. Cependant, l'espèce étant protégée, une demande de dérogation doit obligatoirement être formulée auprès des services du préfet de département préalablement à toute intervention. L'ensemble de ces dispositions permet d'apporter aux acteurs de la gestion piscicole un éventail de moyens d'actions adaptés et flexibles afin de limiter l'impact de l'espèce, tout en maintenant son bon état de conservation. S'agissant de la destruction des œufs et des nids, elle est déjà possible en application de l'arrêté du 24 février 2025 : lorsque la situation locale le justifie, afin de prévenir les dommages importants aux piscicultures, des opérations complémentaires de destruction sur les sites de nidification peuvent être autorisées par les préfets après avis du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel sur la demande de dérogation et ses modalités de mise en œuvre. Des agents assermentés peuvent ainsi effectuer ces opérations particulières sur les sites désignés, dès lors que seul le grand cormoran y est nicheur. A ce jour, le système dérogatoire à la protection du grand cormoran, visant à prévenir les dommages sur les espèces piscicoles menacées et sur les piscicultures, permet ainsi de détruire jusqu'à environ 50 000 individus par an, soit approximativement 40% de la population recensée sur notre territoire. La politique menée ambitionne de concilier l'ensemble des enjeux économiques, patrimoniaux et de biodiversité, en offrant un cadre rénové, plus ambitieux et plus sécurisé juridiquement. En conséquence, le Gouvernement n'entend pas s'engager dans une nouvelle modification des textes réglementant les dérogations à la protection de l'espèce.