La protection des étudiants et personnels des établissements d'enseignement supérieur et de recherche constitue une priorité pour le ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche qui applique une politique de tolérance zéro contre tout type de violence. L'incitation à la haine, à la violence ou à la discrimination, est interdite par la loi et doit être systématiquement sanctionnée. Il appartient aux responsables des établissements de prendre les mesures appropriées afin de veiller au respect de la loi et des principes républicains, de prévenir toute situation susceptible de causer un trouble à l'ordre public et de garantir à chacune et chacun des conditions d'études, d'enseignement et de recherche apaisées, sans pression, ni menace, ni violence.  La liberté d'expression reconnue aux étudiants comporte pour eux le droit d'exprimer leurs convictions à l'intérieur des universités, mais exclut les « actes qui, par leur caractère ostentatoire, constitueraient des actes de pression, de provocation, de prosélytisme ou de propagande, perturberaient le déroulement des activités d'enseignement de recherche ou troubleraient le fonctionnement normal du service public ». A chaque fois que la situation l'exige, le responsable de l'établissement prend toute mesure d'urgence. Investi du pouvoir de police dans l'enceinte des établissements, il dispose à ce titre de prérogatives significatives, ayant notamment la possibilité de prendre des mesures conservatoires contre des personnes présumées s'être livrées à des comportements répréhensibles, suspendre les enseignements, refuser la mise à disposition de locaux, encadrer ou interdire une manifestation ou encore requérir aux forces de sécurité intérieure. Le concours de la préfecture permet également d'appuyer le responsable de l'établissement pour le renforcement de la sécurité de son établissement. Une vigilance particulière pourra ainsi être portée aux événements se déroulant aux abords et au sein de l'établissement afin qu'une réponse immédiate soit apportée en cas de troubles.  Un accompagnement de tout personnel agressé est attendu de l'établissement. L'octroi de la protection fonctionnelle, l'accompagnement lors du dépôt de plainte et l'appui du personnel par un référent en charge de la prévention sont autant de mesures à la disposition du responsable de l'établissement. En parallèle du traitement des faits assurés par les établissements, des actions de prévention et de protection sont mises en œuvre sur la base de consignes ministérielles, telles que l'application des mesures du plan vigipirate, ou préfectorales lorsque le contexte l'exige notamment lors de manifestations susceptibles d'entrainer des troubles à l'ordre public ou de perturber le bon fonctionnement des établissements. Des mesures relatives à la veille des menaces et des signaux de tension, à la gestion des accès, à la surveillance et aux contrôles des flux sont prises par les établissements de même qu'un rappel des consignes de sécurité aux personnels et usagers doit être effectué. Face aux événements qui se sont déroulés au sein de l'Université Lumière Lyon 2, le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche a immédiatement fait déposer un article 40. La présidence de l'université a pris un ensemble de mesures de protection, en lien avec les partenaires territoriaux, afin de faire cesser les troubles au sein de l'établissement. Les cours de M. Balanche ont pu reprendre. Les investigations concernant les fauteurs de trouble se poursuivent, notamment dans le cadre de l'enquête pénale en cours.