Malgré l'arrêt de l'aide au maintien à l'agriculture biologique en métropole pour cette nouvelle programmation 2023-2027, plusieurs dispositifs mis en place depuis 2023 contribuent à maintenir le soutien aux pratiques et méthodes des agriculteurs convertis à l'agriculture biologique. Ainsi, la création d'un niveau spécifique relatif à la « certification Bio » de l'écorégime permet de rémunérer les exploitants concernés 30 euros (€) par hectare de plus par rapport au niveau supérieur de l'écorégime. Par ailleurs, le crédit d'impôt bio a été revalorisé à hauteur de 4 500 €/an à compter de 2023 et jusqu'en 2025. Il convient en outre de souligner que plusieurs mesures ont été prises ces dernières campagnes afin de soutenir les exploitants en agriculture biologique : l'État a mobilisé en 2023 et en 2024 deux dispositifs successifs d'aide de crise spécifiquement destinés à soutenir la trésorerie des exploitations bio en difficulté, à hauteur de 104 millions d'euros (M€) en 2023 et 105 M€ en 2024. Pour faire face à la crise de la demande, des moyens budgétaires exceptionnels ont également été mobilisés en matière de communication et de structuration des filières. Une baisse importante des conversions en agriculture biologique constatée ces dernières années a conduit à une sous-utilisation des enveloppes du fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER) consacrées aux aides à la conversion à l'agriculture biologique (CAB) du plan stratégique national (PSN), générant ainsi un reliquat mobilisable de crédits du FEADER. Le redéploiement de ce reliquat a fait l'objet d'échanges avec les différentes parties prenantes dans le cadre de la modification du PSN. Une grande partie du reliquat est maintenue pour le secteur de l'agriculture biologique, avec la revalorisation de l'écorégime et la création d'un programme opérationnel Lait Bio.