Le grand cormoran est une espèce autochtone protégée au niveau national. Il bénéficie également au niveau européen du régime général de la protection de toutes les espèces d'oiseaux (directive « Oiseaux »). Avec son régime alimentaire piscivore, il est une espèce importante pour le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes. En effet, en tant que prédateur naturel, le grand cormoran diminue notamment la consommation du plancton et contribue indirectement à une meilleure oxygénation des eaux. De même, il limite la pression parasitaire par élimination sélective des individus les plus faibles et accélère le recyclage et les flux de matière dans les chaînes alimentaires. La population de la sous-espèce Phalacrocorax carbo sinensis s'était significativement réduite jusque dans les années 1970. Depuis lors, en raison de sa protection, le nombre moyen de grands cormorans a augmenté jusqu'à atteindre une population de presque 120 000 individus hivernants en 2024, ce chiffre étant relativement stable depuis 2013. Afin de contrôler l'impact que le grand cormoran occasionne sur les piscicultures et, le cas échéant, les poissons sauvages, un système dérogatoire à la protection stricte permet de mener des opérations de régulation depuis les années 1990. Ces moyens d'action font régulièrement l'objet d'ajustements, notamment en lien avec l'évolution de la population sur le territoire et les besoins des acteurs. Ainsi l'arrêté-cadre du 24 février 2025 fixe les nouvelles conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de régulation peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans. Au-delà des consultations obligatoires, il a fait l'objet de nombreux échanges avec l'ensemble des partenaires concernés afin de tenir compte de l'ensemble des remarques des parties prenantes. Il apporte un cadre rénové, plus ambitieux et plus sécurisé juridiquement, en veillant au respect de la réglementation en vigueur pour la protection des espèces, notamment l'exigence que des mesures alternatives aient préalablement été mises en place sans succès. Désormais, à la condition que des impacts significatifs soient avérés, ce texte autorise de nouveau la régulation de grands cormorans au titre de la protection des espèces piscicoles menacées dans les cours d'eau et plans d'eau. La démonstration de l'impact de l'oiseau via la production d'études locales documentées est requise afin de répondre aux exigences réglementaires de dérogation à la protection de l'espèce et ainsi d'éviter l'annulation des arrêtés préfectoraux autorisant les régulations, comme cela a été le cas par le passé. Dans ce nouvel arrêté-cadre figurent des simplifications administratives et des assouplissements importants s'agissant des dérogations à l'interdiction de perturbation intentionnelle et de destruction de l'espèce. Ainsi la période de régulation est étendue de droit jusqu'au 30 juin pour les piscicultures. La mise en œuvre d'opérations complémentaires est permise jusqu'au 31 juillet en pisciculture sur justification (auparavant, les opérations complémentaires devaient s'achever au plus tard le 30 juin). Désormais, les plafonds de régulation autorisés au titre de la protection des poissons menacés sont fixés par les préfets en respectant le seuil maximal de 20 % de la population départementale hivernante recensée lors du comptage national, ce seuil pouvant être porté à 30 % en cas d'absence de plafond sur les piscicultures dans le département. En outre, en cas d'atteinte du plafond accordé au titre de la protection des piscicultures avant la fin de la campagne, le plafond peut être augmenté dans la limite de 10 % du nombre d'individus autorisés à la régulation sur les piscicultures dans le département. De même, afin d'assurer un meilleur suivi des régulations de grand cormoran, il est ajouté un délai de 72 heures suivant les régulations, pour la transmission des comptes-rendus d'opérations aux préfets. Les déclarations s'effectuent désormais via une plateforme en ligne qui simplifie les démarches des bénéficiaires de dérogations, et peuvent en outre être réalisées par une même personne pour les régulations ayant lieu un même jour sur un même site. Enfin, tout bénéficiaire d'une dérogation à l'interdiction de destruction peut réaliser, aux mêmes périodes et sur les mêmes lieux que les tirs, des opérations d'effarouchement sonores et visuels, sans qu'il soit besoin d'effectuer des démarches administratives supplémentaires. En conséquence, le Gouvernement n'entend pas s'engager dans une révision du statut de l'espèce, qui s'accompagnerait nécessairement d'une révision de ce statut au niveau européen. L'éventail et la souplesse des moyens actuellement donnés aux acteurs concernés par la présence de l'espèce et ses impacts permettent de se prémunir des dommages. Au-delà des possibilités d'effarouchement et de régulation de l'espèce, dont les plafonds attribués autorisent la régulation annuelle de plus de 40 % de la population recensée sur le territoire hexagonal, des mesures de protection telles que les cages-refuges ou les filets sont financées via le Fonds Européen pour les Affaires Maritimes, la Pêche et l'Aquaculture (FEAMPA) qui est mobilisable par les exploitants. Ainsi, l'ambition est d'assurer une meilleure coexistence entre le grand cormoran et les activités de pisciculture et de pêche, et de limiter l'impact de l'espèce sur les écosystèmes aquatiques, tout en maintenant son bon état de conservation.