M. Christophe Proença attire l'attention de Mme la ministre déléguée auprès de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature, chargée de la mer et de la pêche, sur la gestion conjointe des populations de grand cormoran et de l'anguille jaune dans les cours d'eau du Lot. La fédération départementale pour la pêche et la protection du milieu aquatique du Lot alerte en effet sur deux enjeux majeurs pour la biodiversité piscicole locale : d'une part, les difficultés rencontrées pour obtenir des dérogations encadrées aux interdictions de destruction du grand cormoran, alors même que les effectifs hivernants se maintiennent à un niveau élevé et que la prédation exercée sur les peuplements de poissons est estimée à plus de 85 tonnes par an dans le département ; d'autre part, le projet de moratoire sur la pêche de l'anguille jaune en eau douce, actuellement en consultation, qui viserait principalement la pêche de loisir, alors que les causes du déclin de l'anguille européenne sont multiples. En effet, la pression exercée sur l'anguille résulte notamment de la surpêche des civelles, des obstacles à la migration liés aux ouvrages hydrauliques, de la dégradation de la qualité de l'eau et de la disparition des zones humides, tandis que les mesures de régulation du grand cormoran, strictement encadrées par la réglementation, restent difficiles à mettre en œuvre à l'échelle locale. La fédération souligne que concentrer l'effort réglementaire sur la seule pêche de loisir, déjà fortement encadrée, serait écologiquement peu efficace et socialement mal perçu, si les autres pressions ne sont pas simultanément traitées. M. le député souhaite dès lors savoir si le Gouvernement entend revoir le projet de moratoire sur la pêche de l'anguille jaune afin d'y intégrer une approche globale portant sur l'ensemble des facteurs de pression pesant sur l'espèce, en particulier la surpêche des civelles, la restauration de la continuité écologique et la lutte contre les pollutions diffuses. Il lui demande également quelles mesures sont envisagées pour permettre, lorsque les conditions scientifiques et réglementaires sont réunies, une régulation raisonnée du grand cormoran, afin de concilier le maintien de l'espèce dans un état de conservation favorable et la préservation des milieux aquatiques et des populations piscicoles déjà fragilisées dans des territoires comme le Lot.

Le Gouvernement est pleinement conscient des enjeux soulevés, qui appellent une approche équilibrée entre la préservation des espèces protégées, la protection des milieux aquatiques et la prise en compte des réalités locales rencontrées par les acteurs de terrain. Des mesures récentes ont d'ailleurs été engagées afin d'adapter le cadre applicable, tant pour la régulation encadrée du grand cormoran que pour le renforcement de la protection de l'anguille européenne. Le grand cormoran est une espèce autochtone protégée au niveau national. Il bénéficie également au niveau européen du régime général de la protection de toutes les espèces d'oiseaux (directive « Oiseaux »). En tant que prédateur naturel au régime alimentaire piscivore, il est une espèce importante pour le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes. Avant de bénéficier d'un statut de protection, la population de la sous-espèce Phalacrocorax carbo sinensis s'était significativement réduite jusque dans les années 1970. Depuis, le nombre moyen de grands cormorans a augmenté jusqu'à atteindre une population de presque 120 000 individus hivernants en 2024, ce chiffre étant relativement stable depuis 2013. Afin de contrôler l'impact que l'espèce occasionne sur les piscicultures et, le cas échéant, les poissons sauvages, un système dérogatoire à la protection stricte permet de mener des opérations de régulation depuis les années 1990. Un arrêté-cadre fixe donc les conditions et limites de la mise en œuvre de ces dérogations. L'arrêté du 24 février 2025 a ainsi rénové le cadre dérogatoire, en veillant à la sécurisation juridique des autorisations de destruction et au respect de la réglementation en vigueur pour la protection des espèces. A la condition que des impacts significatifs soient avérés, ce texte autorise de nouveau la destruction de grands cormorans au titre de la protection des espèces piscicoles menacées dans les cours d'eau et plans d'eau, alors que depuis 2022, plus aucune dérogation ne pouvait être délivrée sur les eaux libres. La démonstration de l'impact de l'oiseau via la production d'études locales documentées est requise afin d'éviter l'annulation des arrêtés préfectoraux autorisant les destructions, comme cela a été le cas par le passé. Par ailleurs, dans le nouvel arrêté-cadre figurent également des simplifications administratives et des assouplissements importants s'agissant des dérogations à l'interdiction de perturbation intentionnelle et de destruction de l'espèce, notamment en ce qui concerne les périodes et les seuils de destruction. Ainsi, l'ambition est d'assurer une meilleure coexistence entre le grand cormoran et les activités de pisciculture et de pêche, et de limiter l'impact de l'espèce sur les écosystèmes aquatiques, tout en maintenant son bon état de conservation. Pour ce qui concerne l'anguille, le règlement (UE) n° 1100/2007 du 18 septembre 2007 a institué des mesures de préservation de l'espèce. Un plan national de gestion de l'anguille a été élaboré par la France et approuvé par décision de la Commission européenne. Des restrictions supplémentaires de la pêche de l'anguille figurent dans les règlements annuels adoptés pour par l'Union européenne (application du règlement (UE) n° 1380/2013 du 11 décembre 2013 relatif à la politique commune de la pêche). En application de ces règlements, la pêche de loisir aux stades civelle et anguille argentée est interdite, en eau douce et en mer, depuis 2010. Par ailleurs, le règlement (UE) 2023/194 du 30 janvier 2023 et le règlement (UE) 2024/259 du 10 janvier 2024 ont directement interdit la pêche de loisir de l'anguille jaune en mer, sur tout le territoire de l'Union européenne, ainsi que la pêche de loisir de l'anguille jaune dans les eaux douces des bassins hydrographiques méditerranéens. La pêche de loisir de l'anguille jaune en eau douce demeure donc autorisée en France métropolitaine, sauf dans les bassins Rhône-Méditerranée et Corse. Depuis l'instauration du plan de gestion français de l'anguille, une seule estimation des prélèvements d'anguilles jaunes par les pêcheurs de loisir en eau douce est disponible, réalisée au moyen d'une enquête statistique : elle démontre que ces prélèvements ne sont pas négligeables. Un décret instaurant un moratoire sur la pêche de loisir de l'anguille en eau douce est donc en cours d'adoption, en miroir de l'interdiction applicable en domaine maritime. Pour ce qui concerne les prélèvements de civelles par les marins-pêcheurs et les pêcheurs professionnels en eau douce, ils font l'objet d'un encadrement strict et les quotas alloués sont en diminution. Une réduction de 15 % dès 2025-2026 a été décidée. En 2026-2027, le quota sera réduit de 34 % par rapport à la saison 2024-2025. Les arrêtés ministériels fixant ces quotas sont entrés en vigueur le 1er novembre 2025. À l'occasion de la troisième Conférence des Nations unies sur l'océan (UNOC-3), l'Etat s'est engagé à accompagner la pêche professionnelle dans la réduction de sa dépendance à la pêche d'amphihalins, via un plan de sortie de flotte volontaire. Ce plan sera déployé en 2026 et concernera toutes les façades, dans un cadre harmonisé entre secteur maritime et secteur fluvial. Il permettra un retrait des licences et capacités associées aux navires concernés. En tenant compte des niveaux de dépendance économique, l'Etat accompagnera au mieux les acteurs les plus vulnérables, en veillant au juste équilibre entre protection renforcée de l'espèce et préservation du tissu économique de nos territoires. Ce plan de sortie de flotte s'intègre dans une démarche volontariste de l'Etat visant à atténuer l'ensemble des pressions anthropiques qui s'exercent sur les poissons migrateurs en eau douce et en mer. En particulier, la restauration de la continuité écologique est un autre levier puissant pour améliorer l'état de conservation de l'anguille. Dans le département du Lot, dix ouvrages ont été inventoriés pour être prioritairement rendus franchissables par l'anguille. Six ouvrages sont encore non conformes à ce jour : les efforts en ce domaine doivent se poursuivre.