Le sujet relatif à la fraude liée au déploiement de la réforme de la facturation électronique est bien identifié et fait l'objet de groupe de travail. Par ailleurs, il n'est pas envisagé d'étendre au recouvrement de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) le système de retenue à la source mis en oeuvre pour l'impôt sur le revenu. La retenue à la source repose sur un mécanisme de prélèvement direct par un tiers payeur identifié (employeur, caisse de retraite, etc.) qui dispose d'une connaissance précise et régulière du revenu versé. Ce modèle peut difficilement être transposé à la TVA, dont l'assiette repose sur des opérations économiques extrêmement diversifiées, réalisées entre des acteurs d'horizons très variés (entreprises, particuliers, administrations, associations, etc.). Mettre en place une « retenue à la source » de la TVA reviendrait à prélever ou reverser la taxe à chaque émission ou réception de facture, ce qui serait source d une très grande complexité opérationnelle. En effet, les flux de paiement sont multiples et de montants très variables, rendant tout mécanisme de prélèvement automatique difficilement applicable : les clients ne disposent pas nécessairement des informations utiles pour déterminer si leur fournisseur est redevable de la TVA (cas des franchisés en base, exonérations sectorielles, régimes particuliers, etc.) ;  ce système entraînerait une multiplication considérable des opérations de paiement et de restitution, incompatible avec les exigences de simplicité et de fluidité des échanges commerciaux.  Pour autant, le déploiement de la facturation électronique conduira à moderniser le recouvrement de la TVA grâce à la déclaration pré-remplie de TVA (DPR), qui constituera un levier majeur de simplification pour les entreprises. À long terme, et à l'exception des situations complexes, les entreprises n'auront plus qu'à vérifier les éléments préremplis par l'administration et à procéder, le cas échéant, à des ajustements. La DPR sera déployée progressivement, sur une trajectoire pluriannuelle, en cohérence avec l'entrée en vigueur échelonnée de la réforme.